Первое 12-томное издание «Толковой Библии» выходило в Санкт-Петербурге с 1904 по 1913 гг. в виде бесплатного приложения к журналу «Странник». Работа начиналась под редакцией профессора богословия Александра Павловича Лопухина (1852–1904). Авторами комментариев ко всем книгам Ветхого Завета стали выдающиеся русские библеисты – профессора А.А. Глаголев, Ф.Г. Елеонский, В.И. Протопопов, И.Г. Троицкий и другие.
В аннотации к первому изданию была четко сформулирована его цель: «Дать пастырям Церкви, как и всем вообще любителям чтения Слова Божия, пособие к правильному разумению Библии, оправданию и защите истины от искажения ее лжеучителями, а также и руководство к уразумению многих неясных в ней мест – вот цель настоящего издания».
В издании представлены комментарии на исторические книги Ветхого Завета: «Первую книгу Паралипоменон», «Вторую книгу Паралипоменон», «Первую книгу Ездры», «Книгу Неемии», «Вторую книгу Ездры».