Первое 12-томное издание «Толковой Библии» выходило в Санкт-Петербурге с 1904 по 1913 гг. в виде бесплатного приложения к журналу «Странник». Работа начиналась под редакцией профессора богословия Александра Павловича Лопухина (1852–1904). Сам А.П. Лопухин успел подготовить лишь комментарий на Пятикнижие Моисея. Начиная с исторических книг Ветхого Завета работу продолжили выдающиеся русские библеисты – профессора А.А. Глаголев, Ф.Г. Елеонский, В.И. Протопопов, И.Г. Троицкий и другие.
В аннотации к первому изданию была четко сформулирована его цель: «Дать пастырям Церкви, как и всем вообще любителям чтения Слова Божия, пособие к правильному разумению Библии, оправданию и защите истины от искажения ее лжеучителями, а также и руководство к уразумению многих неясных в ней мест – вот цель настоящего издания».
В издании представлены вступительные статьи и комментарии А.П. Лопухина на книгу Ветхого Завета «Бытие».